Какво са файловете и директориите вече изясних в първата част на този урок. Ще припомня само, че всяка директория може да съдържа както файлове, така и други директории. Директорията сама по себе си няма обем, такъв има нейното съдържание (файловете). Директорията в друга директория се нарича поддиректория. За имената на директориите важат същите правила, които важат и за имената на файловете с единственото изключение, че директориите не ползват разширения на името си.

Програмата за управление на файловете и директориите в Windows 9x се нарича Explorer. Можете да я стартирате от групата Programs на стартовото меню. Прозорецът на програмата е разделен на 2 части. В лявата е "дървото" на директориите, а в дясната се вижда съдържанието на избрания в лявото поле обект. В самото ляво поле никога не се показват файловете. Там са разположени директориите, имате достъп до My computer, следователно и до всички дискови устройства, до контролният панел (Control panel), а също и до кошчето за боклук (Recycle Bin) и до основната директория за потребителски файлове (My documents).

Управлението на съществуващите файлове и директории обхваща действията преместване, копиране,  преименуване и изтриване. Преместването се извършва чрез Edit, Cut последвано от Edit, Paste. Копирането става чрез Edit, Copy последвано от Edit, Paste. Разбира се, и при двата случая след като копирате или изрежете файла / директорията, трябва да отидете там, където ще го преместите или копирате. Чак след това можете да изберете Paste (залепване). Можете да преименувате файл / директория като File, Rename. Изтриването на файл или директория става като изберете командата File, Delete. След това трябва да потвърдите изтриването или да го откажете. Изтриването на файл / директория по този начин не го премахва, а го премества в кошчето за отпадъци (Recycle Bin). Тук е мястото да обясня за какво служи то. Това, че "изтриването" на файл / директория не премахва обекта от вашият твърд диск, а го премества в кошчето, ви дава възможност при нужда да възстановите изтритият обект. Ако стане някаква грешка, влизате в Recycle Bin, намирате изтритият обект, след което избирате File, Restore и "изтритият" обект се възстановява, сякаш нищо не се е случило. Може би нямате представа колко важно може да е това в някои случаи. Когато искате, можете да изпразните това кошче, като влезете в него и изберете File, Empty Recycle Bin. Това вече изтрива файловете от твърдият диск.

Придвижване между директориите - когато маркирате в лявото поле някоя директория (например като кликнете върху нея), вече сте влезли в тази директория. Ако искате да влезете в нейна поддиректория, кликнете плюсчето вляво от името й и от нея ще се отвори списъче с всичките й поддиректории. Остава само да изберете нужната ви поддиректория.

Вместо обаче да ползвате всеки път менютата File и Edit, далеч по-удобно е да ползвате краткото меню, извеждащо се след натискане на десния бутон на мишката. Това кратко меню съдържа всичките команди за съответният обект. Освен това, на лентата с бутони (toolbar) също има бутони за повечето от тези действия.

Работата с файлове / директории включва не само управлението на съществуващите, тя обхваща и създаването на нови такива. Основният начин за създаване на нов файл / директория е чрез командата File, New, като след това избирате вида на желания от вас обект (файл, директория, препратка). Тук отново ще припомня какво представляват препратките. Това са файлове, сочещи към други файлове. Тези други файлове могат да бъдат и изпълними. Тогава задействането на препратка ще задейства и съответният изпълним файл (обикновено програма). Можете да създадете препратка към всяко нещо, което знаете къде е.

Влаченето на файл / директория с мишката при натиснат десен бутон е много удобно нещо. Там, където пуснете обекта, ще ви се изведе меню, позволяващо ви да го преместите, копирате или да създадете препратка към него на това място. Ако влачите някой обект с натиснат ляв бутон, при пускане ще се изпълни действието по подразбиране.

Характерна черта на Windows 9x е, че почти всяко нещо може да се направи от няколко места (а и по няколко начина). Програмата Windows Explorer е най-удобна, но всяко действие по управлението на файловете можете да направите и от прозорците на отделните папки (директории), а също и от стандартните диалогови прозорци Open и Save As... А както отбелязах по-горе, един от най-удобните начини за работа с който и да е обект, е ползването на неговото кратко (контекстно) меню.